يختار الأمين العام من بين أعضاء المجمع عن طريق الانتخاب لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد، ويصدر باعتماد انتخابه قرار من وزير التربية والتعليم في الحكومة المركزية، ويختص الأمين العام بما يأتي:

(أ) معاونة الرئيس ونائبة في الأعمال العلمية والإدارية والمالية، والإشراف عليها إشرافًا مباشرًا وبخاصة محاضر الجلسات والمراسلات، ومتابعة تنفيذ ما يصدره المجمع من قرارات.

(ب) إعداد جداول الأعمال لجلسات المجلس والمؤتمر والمكتب.

(ج) إعداد بيان لأعمال اللجان يعرض على المجلس في جلسته الختامية، وبيان لأعمال مجلس المجمع فيما بين المؤتمرين يعرض في جلسة افتتاح المؤتمر، وبيان لأعمال المؤتمر وقراراته وتوصياته يعرض في جلسته الختامية.  

(د) إعداد مشروع الموازنة المالية وكذلك مشروع الحساب الختامي للمجمع.

وللأمين العام جميع سلطات وكيل الوزارة واختصاصاته فيما يباشره من أعمال. ويرأس الأمين العام المكتب الدائم للمجمع.

وقد تعاقب على منصب الأمين العام للمجمع عددٌ من أبرز الأعضاء العاملين، وهم:- 

الأستاذ الدكتور منصور فهمي                   (1934 – 1959م)

الأستاذ الدكتور إبراهيم مدكور                   (1959 – 1974م)

الأستاذ الدكتور عبد الحميد حسن                (1975 – 1976م)

الأستاذ الدكتور محمد مهدي علام               (1977 – 1983م)

الأستاذ عبد السلام هارون                      (1984 – 1988م)

الأستاذ الدكتور شوقي ضيف                    (1988 – 1992م)

الأستاذ إبراهيم الترزي                           (1993 – 2001م)

الأستاذ الدكتور كمال بشر                      (2001 – 2005م)

الأستاذ فاروق شوشة                           (2005- 2016م)
الأستاذ الدكتور عبدالحميد مدكور                      (2016م) وما زال العطاء موصولًا

1